“万村千乡市场工程”实施以来，各地认真执行各项质量管理规定，工程建设质量不断提高。为进一步推进“万村千乡市场工程”，提高项目建设质量，商务部近期下发了《关于加强“万村千乡市场工程”项目建设质量的通知》，提出了新的加强质量管理的措施。
　　《通知》强调，地方各级商务主管部门要充分认识“万村千乡市场工程”的重要性，以高度的责任心和使命感加强“万村千乡市场工程”项目质量管理，正确处理好局部和整体、数量和质量、近期和长远的关系，形成提高项目建设质量的长效机制，维护好这一商务工作品牌。
　　《通知》要求，各地区在开展项目验收工作中，要切实做到“五个坚持”：一是坚持由地级商务主管部门负责验收，不得违规下放验收权限；二是坚持由商务、财政等部门组成的验收小组联合验收；三是坚持对申请验收的项目逐一验收；四是坚持验收小组成员共同签字对验收结果负责；五是坚持验收合格项目上网公示。
　　《通知》明确了农家店规范化改造的重点。要求各地按照《农家店建设与改造规范》、《农资农家店建设与改造规范》改造农家店，重点对农家店未取得有关部门颁发的许可证，侵权使用万村千乡标识，加盟合同不规范，进销台帐不完整，经营面积、商品种类、配送率不达标，店铺建设在城市社区，未实行明码标价、开架售货及计量器具不准确等8类问题进行重点检查。《通知》明确要求，凡是农家店有上述情况之一的，各级商务主管部门均不得以任何理由、任何方式判定为合格项目。
　　《通知》提出了新的质量监管措施。一是要求各级商务主管部门根据本地实际情况，制定新的切实可行的项目质量管理措施；二是要求各地结合年终验收工作，对项目建设质量开展一次全面自查；三是规定验收小组适当吸收驻本级商务主管部门纪检监察人员参加，并加强暗访、抽查的力度，及时制止违规行为。
　　《通知》提出，2007年将各地项目建设质量措施的落实情况与农家店规划数挂钩，对经查实存在项目质量不合格的地区，相应减少2007年试点规划数，并视情节严重，通报批评，取消试点企业及所在地试点资格。